企業調査会社の新人・工藤雅之は、港湾物流の不正を追う中で、死んだはずの元女刑事に似た女と出会う。彼女はアメリカの極秘計画NIGHTGLASSの実働要員——人型の外勤体を操り、日本で"那由"と呼ばれる核心を追っていた。那由とは「本人確認」を根底から崩す、古くて新しい鍵。国家、裏社会、そして身体を持たない女。巻き込まれた工藤は、見て見ぬふりができない性分だけを武器に、東京の夜を走る。